Ürgüp'ün merkezinde, Esbelli Kayası olarak bilinen yükseltinin kuzeydoğu yamacına kurulu Kayakapı Mahallesi, şehrin ilk tarihi yerleşim bölgelerindendir. Kayakapı Mahallesi, 1985 yılında UNESCO Dünya Mirası Listesi'ne dahil edilmiş olan "Göreme Milli Parkı ve Kapadokya Kayalık Alanları'nın" sınırları içinde yer almaktadır.

Mahalle bugünkü mimari formunu, Nevşehirli Damat İbrahim Paşa'nın damgasını vurduğu Lale Devri'nin ardından, 18. ve 19. yüzyıllarda almıştır. Bu dönemde, Ürgüp'ün "Ağalar Mahallesi" olarak da bilinen Kayakapı, şehir eşrafından olan ve iltizam (saray adına vergi toplama imtiyazı) sayesinde zenginleşmiş beş ağanın ve geniş ailelerinin konakları ile bezenmiştir. Bir Müslüman mahallesi olmakla birlikte, alanda çok daha eski dönemlerde hristiyan yaşantısı olabileceğini düşündüren kaya kiliseler ile, esas adı Eset Bey Konağı olan ve bu evin ağasının hizmetindeki bir Rum "halk azizi"ne ithafen Aziz Yuhannes'in Evi olarak da anılan yapı gibi, zamanın kozmopolit Ürgüp'ünde Rum Ortodoks nüfusu için de değer arzeden öğeler barındırmaktadır. Kayakapı ve Aziz Yuhannes'in Evi, günümüzde Fener Rum Patriği'nin yıllık Kapadokya ziyaretinin de duraklarından biridir.

Yaklaşık 27 hektar büyüklüğünde, toplam 258 parselden oluşan alanın, 6.5 hektarlık (182 parsellik) bir bölümü üst kotlardaki eğimli arazide yapılaşmış yoğun kentsel dokudan, 20.5 hektarlık (76 parsellik) bölümü ise daha alt kotlarda, kısmen tarım amacıyla kullanılan açık alanlardan oluşmaktadır. Kayakapı Projesi kapsamında yapılan analizlerle, kentsel dokuda, kaya oyma ve yığma taş teknikleri ile yapılmış ve birbiriyle organik olarak bütünleşen 421 adet geleneksel yapı saptanmıştır. Ayrıca, bir kısmı halihazırda tescillenmiş, bir kısmı da planlama çalışmaları sonucunda tescillenmesi önerilen, kilise, cami, hamam, çeşme, konut vb. anıtsal ve sivil yapılar ile güvercinlik ve peribacalarından oluşan 20 adet korunması gerekli kültür ve tabiat varlığı bulunmaktadır. Nevşehir Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu'nun 1999 yılında hazırladığı 1/25.000 ölçekli sit sınırlarına göre, Kayakapı sınırları dahilindeki açık alanlar, 1. ve 3. derece doğal sit alanı olarak, kentsel doku ise kentsel sit alanı olarak tescillidir.

1969 yılında, o dönemde benimsenen genel bir politika izlenimini veren afet bölgesi ilanlarına Kayakapı Mahallesi de konu olmuştur. Bunun ardından başlayan ve 1984'te tamamlanan boşaltılma süreci sonunda, mahalle nüfusunun çoğu, şehrin ortasından geçen Damsa Çayı'nın doğu yakasında kurulan, yine Kapadokya'daki yerleşimlerde rastlanan tipik "Afet Evleri" mahallesine yerleşmiştir. Bu gelişmeler sonucunda bugünkü Kayakapı Mahallesi, kendi haline bırakılmış yarı yıkık yapıları ve doğal öğeleri ile bir yandan şehrin hafızasında yerleşen gizemli bir doku kazanmış, diğer yandan da giderek yok olma sürecine girmiştir.